منذ فجر التاريخ استقطبت مياه الفرات العديد من الحضارات التي قطنت بالقرب من مدينة الطبقة الحديثة، ولعلّ أهم هذه المعالم هي قلعة جعبر الأثرية التي انغمر محيطها بالماء منذ بناء سد الفرات، ناهيك عن المواقع والتلال الأثرية في بلدة الجرنية شمال غرب الطبقة، بالإضافة إلى الآثار البيزنطية في قرية الحمام شرقي المدينة.
كما تضم المدينة العديد من المواقع الأثرية مثل الموجودة في منطقة سحل الخشب ومنطقة تل مريبط التي غمرتها مياه الفرات.
ومنذ تأسيسها عملت لجنة السياحة والآثار في مدينة الطبقة في الحفاظ على هذا الموروث التاريخي الهام، في سبيل ذلك أطلقت عدة حملات لتنظيف المواقع الأثرية وإعادة ترميمها والعناية بها، رغم أن تلك الجهود لا تزال بسيطة نوعاً ما بسبب غياب الدعم من المنظمات الدولية وبالأخص اليونسكو.
وقد حذرت لجنة السياحة والآثار في الطبقة من انهيارات كبيرة قد تطال المواقع الأثرية في حال عدم ترميمها لتبقى من المواقع التاريخية التي تروي قصص شعوب ومجتمعات تاريخية عريقة أقامت في هنا في سالف الزمان.